Το μοσχοκάρυδο περιέχει αιθέριο έλαιο με θεραπευτικές ιδιότητες. Χρησιμοποιείται για ρευματικούς πόνους και στην καταπολέμηση του πόνου από τις πέτρες της χολής και των νεφρών.
Χρησιμοποιείται κυρίως στη γαστρονομία για τις χωνευτικές του ιδιότητες, ιδιαίτερα για τα λιπαρά, βαριά ή αμυλούχα φαγητά.