Το μοσχοκάρυδο περιέχει αιθέριο έλαιο με θεραπευτικές ιδιότητες. Χρησιμοποιείται για ρευματικούς πόνους και στην καταπολέμηση του πόνου από τις πέτρες της χολής και των νεφρών.
Χρησιμοποιείται κυρίως στη γαστρονομία για τις χωνευτικές του ιδιότητες, ιδιαίτερα για τα λιπαρά, βαριά ή αμυλούχα φαγητά, και κυρίως για να καρυκεύσει διάφορα συνηθισμένα και γκουρμέ φαγητά όπως το πατέ φασιανού, την κρεατόπιτα, τα γεμιστά πιτσούνια, την τυρόπιτα και άλλα. Η γεύση του είναι πικάντικη, αλλά όταν είναι φρεσκοτριμμένο είναι πολύ πιο δυνατό.